故事的一開始便是由乃(女主角)在Master的主支線上(一周目)，贏得了生存遊戲並殺死了所有的參賽者，取得了神的身分後，將整個世界(伺服器)的時間推回了一年前，藉由殺死了一年前的自己，引發了伺服器Create New Branch(這是版本管理的專有名詞，不知道該怎麼翻)的事件，也就是二周目分支世界的建立，未來日記的主要內容便是發生在這個支線上，藉由這個事件影響了在櫻島市伺服器上的所有人(AI)。
在7月28日世界的毀滅日，雪輝(男主角)知曉了由乃的真實身分之後，身為一周目神的僕人姆魯姆魯便將世界的時間推回了兩年前，藉由雪輝救了被自己父母關在牢籠中兩年前的雪乃，又觸發伺服器建立了三周目的分支，而故事的結局Happy End，就是繼承了一周目神的記憶三周目由乃，打破了三周目與二周目的藩籬，很像版本管理的Merge，將二周目與三周目的分支Merge起來，並成為主版本的運行。就如同神所說的，"人死不能復生"，這可能是在這殘酷的設定底下，所能想到的最好的結局了。
先不論我這個偏執的版本管理假設是否正確，這部在前年在日本造成轟動的漫畫，紅到富士電視台已經要在這個月推出日劇，我是直到最近才看動畫認識的。我一直很喜歡科幻類的小說與動畫，尤其是日本的科幻類動畫。其實許多優秀的科幻世界idea始祖都是由日本的動畫來的。士朗正宗的攻殼機動隊，電子腦連上網路的架構，其實就是駭客任務世界的基礎。但是像未來日記這樣結合科幻，推理與黑暗特色的好動畫並不多見，也無怪會在前年造成這樣大的轟動，尤其是黑暗這部分的描寫(我一直認為這是日本人的強項 XD)，讓我看完後胸口總覺得悶悶的，有一種說不出來的失落感。
